无细胞DNA检测病原体并量化损伤
纽约ITHACA - 诊断传染病的一个常见问题是，体内存在潜在的病原体并不一定意味着患者生病。这对于器官移植受者的治疗尤其具有挑战性，因为器官移植受者经常与感染以及与免疫抑制相关的并发症进行治疗。
8月26日发表在美国国家科学院院刊上的一项新的康奈尔研究“无细胞DNA宏基因组序列测定，将宿主损伤反应与感染相结合”，提出了一种识别人体内病毒和细菌的技术。通过使用称为无细胞DNA的死亡DNA片段(在整个血液和尿液中漫游)来量化器官损伤。
由此产生的测试简单，快速，成本低，并且足以识别数以千计的细菌和病毒。
“这真的是通过与临床医生的合作实现的，他们向我们解释了这一传染病诊断中的常见问题，”共同资深作者Iwijn De Vlaminck说，他是Meinig生物医学工程学院生命科学与技术助理教授Robert N. Noyce 。“因此，我们开发了一种检测方法，可同时告知我们各种病原体的存在与否，但同时也会告诉我们不同宿主组织的损伤情况。综合信息使我们能够更明确地说明一个人是否正在处理疾病。“
De Vlaminck和他的团队与Weill Cornell Medicine的研究人员合作，专注于肾移植患者的尿路感染。
主要作者和博士学生Alex Cheng使用高通量DNA测序来鉴定临床样品中存在的任何vwin德赢，并通过亚硫酸氢盐测序将其与宿主DNA区分开来，这是一个用盐处理无细胞DNA以揭示甲基化标记的过程。这些标记帮助研究人员追踪无细胞DNA的起源组织并测量对不同宿主组织的损伤程度。
“在现�。酝颊锒洗静〉囊缴途獀win德赢实验室的人对使用基因组医学方法进行诊断越来越感到兴奋，”De Vlaminck说。“但是，评估该生物体是否真正导致疾病仍然存在很大差距。
“这真的是一个关键问题，”他说。“因为有些生物只是共生体，它们与宿主并存。我们的内脏充满了vwin德赢，但这些vwin德赢可能不是你患病的原因。在某种程度上，你被感染了。你'重新殖民，但这只是正常生物学的一部分。“
该测试是如此普遍，以至于几乎任何具有DNA基因组的生物都可以被鉴定出来。
“传染病是全球疾病负担的主要原因，”程说。“它们几乎影响到每一个人群，并且它们不是很容易理解。因此，进行一项可以帮助这一大量和广泛人群的测试令人兴奋。”
“移植受者，因为需要终身药物治疗来保护他们的移植器官，因此一直存在感染相关并发症的风险，”共同作者，肾脏�。哐购鸵浦惨窖е魅蜯anidkam Suthanthiran博士和Stanton Griffis Ditinguished教授说。在Weill Cornell Medicine和NewYork-presbyterian / Weill Cornell医疗中心的医学。“一项精确的测试不仅可以告知感染因子的存在，还可以告知是否存在组织损伤，这是个性化治疗和使器官移植更安全的重要一步。”
对于共同资深作者Darshana Dadhania博士，Weill Cornell Medicine医学副教授和NewYork-presbyterian / Weill Cornell医学中心的肾脏病专家，该测试特别有助于诊断BK多瘤病毒(BKV)感染引起的损伤。Dadhania说，虽然25%至30%的肾移植受者的血液或尿液中含有病毒，但只有5%的人患有肾病或肾病。
“在这次调查中，我们能够证明，与单独使用BKV复制的人和没有BKV复制的人相比，BKV肾病患者的肾脏特异性无尿细胞DNA更高，这表明该检测方法可用于监测面对活跃的病毒复制和感染，肾脏受损，“Dadhania说。“这一点特别重要，因为对于活跃的BKV复制没有特定的治疗方法。”
